紅曲色素來源于微生物，是紅曲霉發酵產生的一種天然色素。紅曲色素由紅斑素、紅曲紅素、紅曲素、紅曲黃素、紅斑胺、紅曲紅胺等6種基本色素組成。紅曲色素為紅色或暗紅色液體、粉末糊狀物，略有異臭，熔點約60℃，溶于乙醇、乙醚、冰醋酸，不溶于水、甘油，可以認為其對pH值穩定，耐熱性強（100℃以上），耐光性，幾乎不受氧化劑和還原劑的影響，對蛋白質的染色性好，一旦著色后經水洗也不褪色。

紅曲色素具有良好的著色性能，能賦予肉制品特有的顏色和風味，同時紅曲色素具有較強的抑菌作用。日本遠藤章氏的抑菌試驗結果表明，紅曲霉菌在生長代謝過程中可以產生具有殺菌或抑菌作用的活性物質，試驗證明抗菌活性物質中部分是色素成分。紅曲色素作為一種天然色素，應用在肉制品中，可以部分代替肉制品中的發色劑亞硝酸鹽。德國肉類研究中心對此進行了研究和探討，在腌制類產品中添加紅曲素后，可將亞硝酸鹽量減少60%，而其感官特性和可貯性不受影響。如果再進一步降低亞硝酸鹽用量，則產品風味略有別于原產品。添加紅曲色素并減少60%的亞硝酸鹽量的產品，不僅色澤均勻，其顏色穩定性也遠優于原產品。李開雄等人研究了紅曲米色素的添加對驢肉火腿顏色影響。研究發現，用紅曲米色素不但可以使肉制品的紅度值提高，而且可以大大降低NaNO 2 用量，肉制品更安全，色澤更令人滿意。研究發現紅曲紅色素在臘肉中代替亞硝酸鈉發色作用的應用效果，結果顯示紅曲紅色素可以以注射形式添加到臘肉中，添加量為肉重的0.001%。注射時要求增加注射點，減少每點注射量，使注射均勻。從色澤、水分含量、質構角度分析，均能達到類似亞硝酸鈉的水平，臘肉無硝發色劑的嘗試基本是可行的。

由于紅曲色素具有良好的著色性能和較強的抑菌作用，可替代亞硝酸鹽作為肉制品著色劑，已廣泛地應用于肉制品中。紅曲色素與亞硝酸鹽的著色原理完全不同：亞硝酸鹽是與肌紅蛋白形成亞硝基肌紅蛋白，而紅曲色素是直接染色。兩者都能賦予肉制品特有的。肉紅色。和風味，抑制有害微生物的生長，延長保存期，但紅曲色素的應用安全性更高。在腌制類產品中添加紅曲色素后，完全可以將亞硝酸鹽量減少60%，而其感官特性和可貯性不受影響，顏色穩定性也遠優于原產品。

在調味品中的應用：

糖化增香曲（醬油專用）就是以紅曲為出發菌種而制得的復合紅曲菌種，在醬油釀造中使用糖化增香曲，可使原料全氮利用率和醬油出品率明顯提高，同時醬油鮮艷紅潤、清香明顯、鮮而后甜，質量優于普通工藝醬油。

將紅曲色素粉直接加入到醬醅中參與發酵，研究發現明顯提高了醬油的紅色指數，改善了醬油的風味。

在酒類中的應用：

丹溪紅曲酒是采取壓濾工藝生產的，保留了發酵過程中的粗蛋白、醋液、礦物質及少量的醛、酯等物質，具有香氣濃郁、酒味甘醇、風味獨特、營養豐富等特點。另外還有陸公紅、永春、瑯峰山等種類的紅曲酒。

在腌制蔬菜中的應用：

在傳統生產中常使用醬油作為著色劑加工腌菜，使醬腌菜的色澤更誘人。紅曲色素可以作為腌制蔬菜中外加色素，通過物理吸附作用滲入蔬菜內部。蔬菜細胞在腌制加工過程中，細胞膜變成全透性膜，蔬菜細胞就能吸附其他輔料中的色素而改變原來的顏色。

在面制品生產中的應用：

紅曲色素在面制品生產中的應用，如生產紅曲餅干、紅曲面包、糕點、紅曲面條等。

在面包生產中，添加紅曲水浸提液時，其添加量的不同對紅曲面包的色、香、味及口感影響不是很大，僅僅是隨添加量的增加，其顏色有所加深變紅。與直接添加紅曲粉相比，各方面均有較大改觀，尤其在香味方面，與不加紅曲提取液制成的面包相比，更加清新獨特。